Manfred Kaiser wurde 1928 in Welzow in der Niederlaussitz geboren. Der Gymnasiast wurde 1944 als Marinehelfer eingezogen und militärisch ausgebildet. Trotz einer Festsetzung durch die Rote Armee gelang es ihm, sich nach Bayern abzusetzen. Als er erfuhr, dass seine Eltern den Krieg überlebt hatten, kehrte Manfred Kaiser jedoch in die Sowjetische Besatzungszone zurück.
1949 begann er ein Studium an der Bergakademie Freiberg, das er aber aufgrund des zunehmenden Drucks durch das SED-Regime unterbrechen musste. Er setzte sich über Berlin nach Westdeutschland ab und schloss sein Studium an der Bergakademie Clausthal ab.
1955 legte Manfred Kaiser als Grubensteiger mit besonderer Kenntnis der Wettertechnik auf der Zeche Minister Achenbach der Gebrüder Stumm GmbH in Lünen-Brambauer an. Er arbeitete sich dort vom Wetteringenieur, über den Posten als Abteilungsleiter der Wettertechnik bis zum Leiter der Stabsstelle hoch. 1970 wechselte Manfred Kaiser als Leiter der Abteilung Wetter- und Klimatechnik zur Hauptverwaltung der BAG Westfalen der neugegründeten Ruhrkohle AG in Dortmund.